Der Beginn unseren lieben Guestphalia ist zurückzudatieren auf die Gründung des akademischen Pharmazeuten Vereins zu Erlangen am 09. Januar 1873, durch die Herren von Dittrich, Brimmer und Lange. Dieser wurde aber unter dem Fachprinzip geführt, was bedeutet, dass zu dieser Zeit nur Pharmazeuten beitreten konnten.
1887 lösten wir uns von dem Fachprinzip und wurden 1905 dann die freie Verbindung Guestphalia, mit neuen Zirkel, den wir auch heute noch führen. Wir führten ab 1912 eine eigene Corpskonstitution, als Reglement ein. Ein Jahr darauf wurden wir in den Rudolfsstädter Senioren-Convent aufgenommen. Diesen verließen wir 1930 und wurden 1935 in den HKSCV, den Kösener Dachverband, aufgenommen.
Im Jahr 1919 wurde der Umbau der ehemaligen Gaststätte Birkner`s Keller abgeschlossen, welches uns seitdem als Mittelpunkt unseres Corpslebens dient.
Im Jahr 1935 wurden wir auch in den Erlanger Seniorenkonvent aufgenommen, aufgrund des Naziregimes lösten wir uns allerdings 1936 selbst auf. Erst 1956 erhielten wir von den Alliierten unser Corpshaus, welches in den zwischenliegenden Jahren als Stützpunkt und als Kasino diente, zurück.
Daraufhin wurde der Corpsbetrieb wieder aufgenommen und nach anfänglichen schweren Jahren, verbesserte sich die Situation für die Verbindung zunehmend. 1975 wurden wir dann auch in den sogenannten Magdeburger Kreis aufgenommen, welcher eine Bindung an zahlreiche andere Corps darstellt.